2020年3月30日月曜日

新型コロナは自然発生の可能性が高い。人工ウイルスの可能性は低め

コロナは果たして人工ウイルスか。
中国の公式発表は信じられないね。SARSに続いて2回目だよ。
武漢にはバイオセーフティLv4のウイルス研究所があるし、そりゃ疑わしいって思うね。HIVと同じ塩基配列も出たようだし

・・・しかし、アメリカの国立衛生研究所(NIH)の所長、フランシス・コリンズはCOVID-19が自然由来でありラボで人工的に作られたものではないとの見解を出しました。

米国立衛生研究所所長「コロナは自然発生したもの」
https://news.nicovideo.jp/watch/nw6928100?news_ref=top_10

レコードチャイナは正直信じられないので、ちょっと情報源を探してみた。

情報元NIHディレクターブログ
https://directorsblog.nih.gov/2020/03/26/genomic-research-points-to-natural-origin-of-covid-19/

研究所が少しかかわったテリューン大の研究結果がこちら

テリューン大学 (ニューオーリンズ)の大学による論文
https://www.nature.com/articles/s41591-020-0820-9

correspondenceという速報的な扱いではあるものの、3月17日に publishedなので編集部側では査読を行って公開を決定したもので、ちょっとしたウワサなどの域を出た歴とした研究結果となります。

コロナの構造、由来の決定版というより、第一報としてこの結果をどう思う?という提示であるため、今後また違う結果が出てくる可能性も・・・?という余地はありますが、暫定的に最も新しく詳細な研究結果

HIVと同じ構造・・・というものも一時提案されたものの、関連しそうな配列は短いもので、偶然と考えられる範囲のものであり、提案者も意見を取り下げているとのこと。

2019コロナに挿入された特徴的な類似性について(取り下げ済:withdrawn)
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.30.927871v1

エイズ用の薬が効くというのもありましたが、薬はDNAの一部の配列に作用?するような
ものもあるものの、この配列とは別の部分に作用するものなので、コロナにも効いた点はうれしい誤算のようなものかと。

上記のHIV構造との類似は武漢のそのへんで1月以降にも捕まえたコウモリからも見られたようなので、普通に現地のコウモリに感染するコロナウイルスが持っている特徴ということでしょうか。

コロナウイルスの細胞侵入機構:病原性発現との関連(スパイク部分の特殊な作用について)
http://jsv.umin.jp/journal/v56-2pdf/virus56-2_165-172.pdf

血圧の制御に関わるACE2という酵素に結び付くことでSARSのような症状を起こす。ACE2は十二指腸や腎臓に多く存在するが、この酵素が不足することで肺炎や敗血症のような肺疾患を起こすとか。
(煙草を吸うとACE2が減る→ネズミでACE2を減らしてみる→肺炎を確認)

所長のブログによると、新型コロナの構造でコンピュータ予測をすると「SARSみたいには働かないだろう」と予想される要素があったそうです。しかし、実際にはやはり強くACE2と結びつく結果が得られている。これが「人工的でない」根拠になりうると。
コンピュータ予想でスカになると分かっているものをわざわざ兵器として研究するか?という部分から、兵器開発を否定できるだろうという考えでしょうか。

宿主となる動物の中で人に有害に変質したか、人に入り込んでいて最近ついに人に害を与えるようになったか・・・前者のほうがありそうと述べています。

後者でもありえなくはないのかな?擬陽性やら軽症の新型コロナやらは発症する能力のない類似のウイルスという可能性も。コンピュータ予想で新型コロナはACE2と結びつかないはずとのことなのだし。

人工物かどうか議論の余地はあるとはいえ、そんなことよりも衛生に気を付け、混雑を避けることに集中したほうがいいでしょう。次に嫌なウワサを聞いたら米政府のコロナの噂対策本部を覗いてみるといいよとのことでした。


十二指腸や腎臓という部分は興味を惹かれる話でした。
肺炎を解消し、鼻水などからウイルスが出てこなくなっても、腎臓などにはウイルスが残っているのかもしれません。そちらまで治療しないと再発してしまうのかも。
また、MERSのときにはラクダの尿から感染するという噂もありました。腎臓由来で、尿にもウイルスが含まれているのかもしれません。

現在、抗体検査としては血液を利用するらしく採血をする必要があり、病院等での検査が必要になるものの、尿から見られる抗体検査薬ができれば自宅で一人で検査できるようになるのかも。

2020年3月29日日曜日

厚生労働省の、コロナ蔓延の定義とは

新型コロナ「蔓延の恐れが高い」
https://www.yomiuri.co.jp/politics/20200326-OYT1T50199/

蔓延してるだろう?という反応が多いものの、この「蔓延」は言葉の定義が気になるところ

日本感染症学会「水際対策から感染蔓延期に移行するときの注意点」
http://www.kansensho.or.jp/modules/news/index.php?content_id=132

蔓延に反する言葉として水際対策が出てくるので、もう水際対策だけでは対処できないということだろうか。
依然として海外帰国組が広めている印象もあるけど。

仮に、蔓延が「感染経路が特定できず、感染拡大が水際対策だけでは止められない」(発症者の半数以上が・・・)などの定義があるのであればそれもあわせて説明してほしかった。

カタカナの用語がわかりにくいという指摘が河野大臣からあった。ロックダウンやらクラスターやらは、コロナが世界的に広がっている段階である以上、共通の言葉を使ったほうが海外報道と齟齬が起こらない面で有効かとも思ったけれど。

しかしこれでは日本語が通じていない状況を疑ってしまうし、そもそも情報が足りないとも感じています。まあマスコミがまともに機能してないんだろうなあといったところ。


給付金はどうなっていくのでしょう。

自営業や中小では深刻な事態に陥りやすい状況で、そういった業種を中心に今を耐える手段がほしい。

麻生大臣は銀行の話をしていましたが「銀行が機能してればな」的な発言としては間違っていないのですが、その点借りやすくする施策はあるのでしょうか。一定期間内の金利は政府が持つとか。

銀行も金融業として終わってるようですね。バブル期で盛大にやらかしたのでもうリスクが一切とれない。

給付は現金か商品券か・・・
経済刺激策としてなら、期間限定の商品券は有効と言われています。現金ばらまいても、貯蓄に回ってしまう傾向が高い。商品券の場合、券を使って使わなくなった現金はやはり貯蓄に回る・・・とはいえ、短期的であれ消費活動にまわるお金は発生する。

・・・私の分の地域振興券は制服仕立てるのに使ったので経済の活性化に寄与する使い道かは不明。

しかし今は経済を回すタイミングではないということで反発が。
今は耐える形のほうが正しいのでしょう。そのためには消費を促すのではないとして・・・全国民に給付というのは長続きさせにくい。世界的にもどこまで耐えられるか

飲食店が弁当の形で販売するとか色々工夫されている様子。長く耐えるためには在宅の仕事やらで経済の形をかえていく必要もあるのでしょう。外食やイベント会社などが大ダメージなのは周知ですが、工場なども停止やら遅れやらあるようで、そういうところは部品を中国に依存しているからだったり。給付にせよ施策にせよ、政府がやることは多数あると思います。迅速に対応していってほしい。責任は負うものではなく果たすものだと思いますので、野党もちゃんと協力して事にあたってほしいもの。

2020年3月23日月曜日

新型コロナ PCR検査を拒否される理由

長いので、太字だけ読めばいいように配慮して書きます。

前回のPCR検査の記事により、時間がかかる検査で、複雑なものであることを紹介しました。
また、専用の装置が必要で、これは100~400万ほどするようなのですが、基本的には病気の診断機というより実験機器であるかと。大学病院になら大学の研究設備内にあるかもしれませんが、一般的な病院内にはないんじゃないかな?というものになりそう。

ここでは、検査は第一の発見のための手段ではなく、最終的な確認程度のものであることを説明したいです。


・「感染している」 と 「ウイルスが見つかる」 は別物
軽い症状に対し、PCR検査をしない理由として人手の問題もあるでしょうが、検査をしてウイルスを検出できるのは果たしてどの程度進行してからなのでしょう。
ウイルスが検出されているということは、ウイルスが体の中で繁殖しているということではあるものの、今まさに入ったばかりとなると、検出されない時期もあるでしょう。
そもそも、空気感染ではなく飛沫、接触で口から胃のほうへ入ってくる病気でありながら肺炎に至り、唾や鼻水から感染が広がる・・・消化器系(胃や腸)から呼吸器系(肺)へ移動しているように見えます。増殖し、鼻水として出てくるのはずっと後。ウイルスが増殖している場所はどこなのでしょう?血液中?

陰性だったはずの人が陽性に変わる・・・と報じられ、恐怖を煽っていますが、そこに未知のメカニズムが存在しているという可能性もゼロではないものの、実はもっと簡単な理由として数が少ないだけなのでは?

なお、ウイルスや菌の観察についても、温度を温めたり栄養を与えたりして、菌などを増殖させるプロセスもあります。測定装置の規定量以上ないと、検出が困難なはずです。軽症な人では検査しても意味がないというのが実態ではないでしょうか。鼻水が出るので念のために検査を・・・と思っても、もう検査する前から陽性とは出ないってわかってしまうという。たとえ前日にコロナに感染している場合であったとしても。



PCR検査は絶対ではない。
前のPCR検査法の記事とあわせ、PCR検査について、「あまりたいしたことはない」と感じられているのではないでしょうか。
「医者はあまり大したことないものを妄信している」といいたいわけではありませんし、「大した事ないものであっても、多少なりとも信頼できるものはこれしかないのだから、PCRは現状最重要な検査なのではないか?検査は可能な限り行うべきなのではないか」という考えもあると思いますが、現実的とはいいがたいものがあります。

実際、時間と人手が無限にあればやったほうがいいんでしょう。希望者と言わず国民全員、毎日1回測れというのを世界中でできれば、新型コロナ封じ込めはずっと進むはず。
しかし、時間、人手(+分析装置数)の問題からそうはいかないので、「まずコロナではないだろう」という場面では検査不要となります。

前述のとおり、新型コロナのように人体に有害なものであっても、PCR検査では「新型コロナと同じような影」を出現させてしまいうことがあります。

感染していても、初期段階では鼻水などからウイルスが出ないかもしれない
感染していなくても陽性に見える結果が混じってしまうかも(擬陽性)

なら、どうすれば信頼性が得られるかといえば、

新型コロナであることの判定としては、
・新型コロナ感染源との接触の疑いが濃い+陽性なら感染
・新型コロナと疑わしき症状+陽性なら感染

といった複数の条件を合わせて判定することになるでしょう。
PCR検査を絶対的な指標として妄信することは不可能。
ただし、

 武漢に行ったことがある人なら、病気でなくても検査や隔離を検討したほうがいいでしょう。
 インフルエンザのような発熱が続いたり肺炎で疑われるなら、親交関係に感染源が見られなくともPCR検査をしたほうがいいでしょう。
 健康そのものな引きこもりでも擬陽性を出す可能性はありうる。もちろん新型コロナには感染していなくても。

満員電車にも乗らず知り合いに海外渡航者もおらず、ちょっと風邪っぽいだけで、「一応検査してもらえませんか?」という人を検査していたらきりがない。
「かなり疑わしい40度の熱があったけど検査拒否された人いるらしいぞ」とかいう人もいるかもしれませんが無責任な伝聞情報はどこまでも進化しますので・・・
偉い人はコロナ感染をひろがっているように見せたくないと言われます。いわゆる事なかれ主義で。しかし医者としても見逃しをやらかしたら責任を問われます。事なかれ主義であればなるべく検査はするでしょう。


・空気感染ではない・・・ことの正しい理解
新型コロナは(エアロゾルによるものを除いて)接触感染、飛沫感染が主なものとなります。
対して、空気感染ということになるとより簡単に感染は広がってしまいます。
空気感染を防ぐには、健康な人であってもマスクなどが有効になります。

空気感染が疑われる場合には、くしゃみによる感染は10メートルにも及ぶと言われます。
テピカジェル インフルエンザの感染経路
https://www.tepika.net/column/vol41.html

10メートルの場合は気づかなくても感染してしまう危険が高く、マスクが有効になるでしょう。しかし飛沫感染程度ということで、新型コロナは2メートル程度。くしゃみを浴びるくらいな距離にいなければ感染の可能性は低い。

また換気の悪い場所が危険と言われますが、空気感染ではないもののエアロゾルが怖いようです。エアロゾルにより、空調を通じて広く感染したというニュースが武漢のほうだったかにありました。
エアロゾルというものは空気中で霧状に見えるくらいになっているもので、こうなると感染は拡大しやすい。
映画館やコンサートホールで非常灯まわりに霧状のものが見える状態がこれでしょうか。
人が集まって騒ぐクラブによる感染も、エアロゾルが発生していると疑われるでしょう。
(クラブの感染では、ハイタッチしたり皆で同じ箱のポップコーンを食べたりするくらいの、いわゆる濃厚接触も起こりやすいと思われる)

このような状況は空気感染同様、マスクを顔に密に張り付けた状態でないと対策しにくいでしょう。状況を避けるのが有効となるかと。

むわっとくるような場面を避けたとしても、接触による感染は起こりやすい。
ジムでの感染を考えるに、
・トレーニング機器に触る
・機器に触った手で汗をかく(汗にはウイルスは含まれていないらしい)
・汗がついた手をタオルで拭く。それからタオルで顔も拭く

といった形が怖いんじゃないかな?タオルも椅子の上とかに置きがち。

電車でつり革を介して広がりそうではあるけれど、顔には触らないので現状拡散は起きていない印象。
しかし夏頃に顔に汗をかくようになってくると、感染が再び広がる危険はあるかも?

また、感染というとウィルスを吸い込んだりして感染する空気感染のイメージが強く、マスクの印象が強いものの、このウイルスの感染は空気感染を除外して考えられています。
それで抑えられているのだから、ある程度信用していいと思うのですが、そうなると気にするべき要素というのは、やはり食事でしょう。

主な感染経路は食事で、口から入ってくる可能性が高い。
濃厚接触による感染とはいえ、手でふれただけで感染しているわけではない。
手で触れ、それが食事などの際に口に入らなければ感染することはないはず。
ジムの例では手の汗を拭いたタオルで顔を拭き、その後唇を舐めるなどの形で体に入ったのではないだろうか。
マスクをしてガードしていても、食事時にはそれを外して手で食べ物を口に入れていくのだから、接触感染に対しマスクの防御力は低い。

拡散させうる側はマスクでくしゃみや咳を止めることが有効ではあるが、コロナの防衛にマスクの優先度が低いというのはこういうことだと思います。
至近距離から咳やくしゃみを浴びせられるのは危険ですが、街中ではそこまで警戒するほどではない(空気感染するレベルの病原体ならマスクによる防衛は有効になる)
実際に病人に接する医師などや、不特定多数の人と近づく必要のあるお店のレジの店員などはマスクをしておくことが有効だと思いますが。
手洗いのほうが重要と。そのほか外出後や食事の前にうがいするくらいで十分という面はあるのでしょう。

感染しても検出されない・・・その期間をどう過ごすか
発症して重態になるまで待てというのか?というわけにもいかない。

まずは電話で相談を。
首相官邸 各都道府県の帰国者、接触者相談センター
https://www.kantei.go.jp/jp/pages/corona_news.html
バスやタクシーを使ったり、病院の待合室で数時間待ったりはお互いに危険があるため、本当に怪しいようであれば救急車を出してくれるのではないか。

海外渡航などが重視されていますが、接触感染している可能性はあります。その場合、優先度を低くみられてしまいますので、初期の対応は遅れてしまうかもしれない。
若者は治る例も多いようですが、重態化し、肺炎になるようでは高齢者は危ないかもしれない。

発症が疑われる際の対処法は、報道されているように初期の高熱に対し無理をしないこと。この段階では重めの風邪、インフルの可能性も考えられ、安静にしていれば収まる場合も。インフルエンザは3~4日でピークを過ぎるとのこと。ここで無理をしていては風邪でも長引いたり、コロナやインフルが感染したりするので注意。
7日経っても・・・というのがコロナと判断してもらえるラインのよう。正直、熱を出したまま7日も待ちたくないですね。

感染症学会 ガイドライン?
1週間以上続く37.5度以上の熱、または1週間以内であっても高熱が続き、呼吸が困難なほどの呼吸器疾患が肺炎を併発していることの目安となるようです。


肺炎から一定の水準までの改善の例
もともと入院、もしくは通院していたケースで迅速に治療が行われた例であるものの、肺炎を発症した状態から治癒した事例が公開されています。

1人は軽度の肺炎からの軽快?で、2人は人工呼吸器を必要とするほどに悪化したものの、現在ではそれを必要としなくなるまでに改善されたとのこと。

市内病院で経験した人工呼吸装置が必要であったCOVID-19肺炎の感染対策、治療について

「軽快」やら「人工呼吸器離脱」やらで、医者があまり軽々しく完治とか快復とか寛解とか言ってしまわないのは、再発の警戒やらを警戒した言い回しのようなもので、一般的に見れば肺炎が治った例が3件あるということでしょう。

海外では感染拡大が起こっている地域もあり、発症したらひどいものであることは確かなものの、治療できないものではない。

マスクはいつまで足りないのかな?
マスクが感染を防ぐために有効か否か、満員電車に乗るやら接客業であるならしたほうがいいと思うものの・・・
マスクが品薄なほど使用されていることは、感染拡大に一定の抑止効果を出している面もあると思います。しかし発症が疑われた際などに、コンビニでマスクが買えるようでないと感染者側が対処できない面もあるので、はやく簡単にマスクを買える状態になっていてほしいものです。

2020年3月21日土曜日

新型コロナ PCR検査は難しい

私は医者でもないし生物系の実験に詳しいわけではないものの、コロナの分析に使われているPCR法というものについて調べてみた結果をここに書いておきます。
長いので、太字だけ読めばだいたいわかるように書きます。

この手法について、下の画像1枚だけでなんとなく理解していただきたい。


thermofisher(分析機器メーカー)
https://www.thermofisher.com/blog/learning-at-the-bench/qpcr-basic37/
写真は上記サイトから。

PCR法により、新型コロナ感染の有無が判定可能!といっても上記のような結果が出ます。
6時間後くらいに。

分からないということが分かった。

上記のグラフは、当然コロナの分析を行っているものではありませんが、手法の簡単な説明としては、

新型コロナのDNA(RNA)を取り出し、それを時間経過、または反応を起こさせた回数によってDNAの鎖を千切れさせていき、その結果DNAの長さが短くなったことを微細な振動への反応速度から判定する・・・というものになるでしょうか。見ているのは千切れていく速度か?

太い横線Threshold(しきい値)に対し、サンプルとして得たDNAのほどけていくデータがぶつかった点がCt1、Ct2、Ct3、Ct4と下に表示されています。
このCt値というものが重要なようで、しきい値にぶつかるまでの速さによってDNAの種類の違いが見える様子。4種類のDNAが見られ、それぞれ何であるのか、ある程度目安が付けられる。というもの。

実験手順としてはDNAと取り出すたんぱく質を溶かすような溶液に入れ、一定の温度で6時間保ち、頃合いを見て測定装置に入れて…となるが、こう〇×で答えがでるものでないとなると、ちょっとした綿棒から溶液へのサンプルの入れ方だとか、使用後の装置の洗浄だとかで細かくデータが狂う。出てくる結果も、判で押したように正確に全開と同じものではなくて・・・観察する人の経験と知識がものをいう形だったり。

産経新聞より、感染の簡単診断、確立急ぐ
https://www.sankei.com/affairs/news/200303/afr2003030026-n1.html

写真は上記ページから

イメージされるのはこのような検査手法だと思うのだが、こういうものは新しい病気に対しすぐには開発できないし、炭そ菌のようにもともとある病気であっても、感染拡大時、検査薬の在庫がどれくらいあるやら。

日経新聞の記事によれば、シンガポールで簡易的に行うことができる手法が導入されている例もあるとのことですが、判定の信頼性は低いものもある?とのことです。
日経新聞 よくわかるウイルス検査(コロナ)
https://www.nikkei.com/article/DGXMZO56653880R10C20A3I00000/

上記記事内に、「PCR法の検査制度は高い。ほぼ確実にウイルスの有無がわかる」と書かれていますが、のちに陽性と判明する人が陰性と出ることも多く、また擬陽性であることも多いとか?

擬陽性については現状諸説あり、PCRの検査も1度に複数の試薬でDNAを切断させ、同時に4~6くらいのパターンを見比べるので間違えることはないとの意見も。
また、陽性であっても発症は弱いまま完治してしまう例なども知られるようになってきています。なので実は擬陽性ではなかったという可能性もありそう。

簡易に行うことができるものは上記の会社のように、現在開発している場所があるようで、シンガポールで導入されているものはいち早く開発に成功したものを使っているらしい?

このイムノクロマト法については、インフルエンザやノロウイルスの検出について実用化されているもののようで、検査の簡易さ、専用装置が不要などの点で優れているので、数をこなすことには向いているはず。

新型コロナウイルスの感染検査 試薬キット3/16日から国内販売
https://monoist.atmarkit.co.jp/mn/articles/2003/13/news055.html
10回分で2万円。血液をとる必要がある模様。

PCR検査のほうは、試薬のコストなどで言うと1回あたり5000円くらい?
そこに装置利用、人件費込みで1万3千円~1万8千円がかかる計算になるとか。

コロナの検査に保険適用へ。ただし自己負担ゼロで実施
http://www.news24.jp/articles/2020/02/29/07602200.html

上記の試薬による一発判定、妊娠検査薬を思い出しますが、あれもイムノクロマト法で、ある種のタンパク質に反応するように作ってあるものらしい。ネットで拾える説明書には、糖尿、尿蛋白、血尿で反応することもあるということで、やはり検出されるものと条件が一致してしまうと誤検出が起こってしまうようです。

インフルエンザ向けのイムノクロマト法のキットの性能評価。
http://journal.kansensho.or.jp/Disp?pdf=0750090792.pdf
PCRに比べ70%ほど検出率が下がることも?
またPCR法に比べ100倍ほどのウイルス濃度がなければ検出できないようにも見えますが・・・検出限界の調査のようなものなので、あえて薄いサンプルで比較しているようなので、現実にどれくらい有効性に差がでるのかは不明。


先日、臨床検査技師の方がコロナの診断に尽力する方々のことをツイッターで紹介していました。
現在、PCR検査を担当しているのはリヴァイ班のようなエリートチームでその人たちが全力で対応を行っているとのこと。そしてリヴァイ班という言葉でバズる。
バズったことに驚いてか、もう動画は消してしまったのでしょうか。

紹介した方はPCR検査には携わっていないのだそうですが、そのメンツのすごさやらその手法の難しさやらは実感している様子で、そう簡単な検査方法ではないことをわかってほしいということでした。

科学技術の分析というものは、重力波の検出であるとかの手法を説明する際「科学的な分析手段として見えてくるものは相手の影絵のようなもので、その影を見ながら相手の正体に近づいていかなければならない」と説明されることがあります。

PCR法についても同様です。
新型コロナのDNA(RNA)の長さを見ているもので、その短くなっていく速度、短くなり始める時間などを見てコロナであるかそうでないかを判定するというもの。

これは「身長と足のサイズだけを数字で示されるので、そのデータに合致する芸能人が誰か当ててみろ」というくらいの分析手法であると言えます。

既に新型コロナが示す検査結果は手元にあるので、それと同じ傾向を示すデータが得られたなら、それは新型コロナである可能性がある というわけになります。

・・・しかし、世界には雑多な生物がに存在しているので、ひょっとしたら前日に行った登山で体内に入った、軽い風邪程度のウィルスなどが同じくらいの曲線を見せる可能性も否定できません。
そっくりさんはそうはいないとはいっても、PCR検査で同じ結果を出すもの(鎖の長さ、千切れ方の傾向が同じまたは身長と足のサイズが一致する人)くらいならいくら存在していてもおかしくありません。
(毒性やらを見ているわけではないので、まったく無害なウイルス、DNAデータであってもコロナと同じように見える可能性があります)
しかし、複数のDNA切断パターンを試す場合、複数のパターンでも一致する例は少なくなっていくため、通常のPCR検査では相当高い精度で目的とするウイルスを識別できるため、PCR法によるコロナ診断の信頼性は問題ない水準であると推定している人もいます。

こういった誤診断?にまつわる漫画として、検査技師がメインものがあります。
グランドジャンプ ラジエーションハウス
http://grandjump.shueisha.co.jp/manga/radiation.html

レントゲンを見て、「よくある病気ですね」と判断されるものの、レントゲンの影の大きさに比べ患者が訴える痛みがいように大きかったり、レントゲンの影が見える位置が微妙に違ったり・・・といった部分から珍しい病気の兆候を見つけ出すという内容です。

〇×で判定できるものではなく、見るべき人が詳しく分析する必要があるようです。